Pretresno vijeće donosi presude i izriče kazne osobama osuđenim za teška kršenja međunarodnog humanitarnog prava u nadležnosti Međunarodnog suda. Kad su strane privele kraju svoje izvođenje dokaza, predsjedavajući sudija proglašava pretres zatvorenim, a pretresno vijeće zasjeda iza zatvorenih vrata.
• Pretresno vijeće posebno glasa o svakoj optužbi sadržanoj u optužnici, a kada se zajedno sudi dvojici optuženih ili većem broju njih, zaključci se donose posebno za svakog optuženog. Optuženi se može proglasiti krivim samo kad se većina članova pretresnog vijeća uvjerila da je krivica dokazana van svake razumne sumnje.
• Ukoliko nema dokaza koji mogu biti osnova za osudu po bilo kojoj tački optužnice, pretresno vijeće donosi oslobađajuću presudu i optuženi se odmah pušta na slobodu. Ako pretresno vijeće utvrdi da je optuženi kriv za neko krivično djelo, donosi se osuđujuća presuda i izriče se kazna.
• Ako pretresno vijeće proglasi optuženog krivim po jednoj ili više optužbi sadržanih u optužnici, izreći će kaznu za svaku od optužbi po kojoj je optuženi proglašen krivim i navesti da li će se kazne izdržavati konsekutivno ili uporedno. Pretresno vijeće je, nadalje, ovlašteno da izrekne jedinstvenu kaznu koja odražava ukupno kažnjivo ponašanje optuženog.
• Tužilac i odbrana mogu dostaviti sve relevantne informacije koje mogu pomoći pretresnom vijeću u određivanju odgovarajuće kazne. Pri određivanju odgovarajuće kazne na osnovu svog diskrecionog prava, pretresno vijeće mora uzeti u obzir težinu krivičnog djela, individualne prilike osuđene osobe, sve otežavajuće ili olakšavajuće okolnosti, te opštu praksu izricanja zatvorskih kazni na sudovima bivše Jugoslavije.
• Pretresno vijeće, osim toga, mora uzeti u obzir eventualno vrijeme koje je osuđena osoba već izdržala od kazne za isto djelo koju je eventualno izrekao nacionalni sud. Maksimalna kazna koju pretresno vijeće može izreći je doživotna kazna zatvora.
• Presude se izriču javno, u prisustvu optuženog, i uvijek su popraćene pismenim obrazloženjem. Presudi se dodaju i eventualna izdvojena ili suprotna mišljenja sudija. Ako je optuženom izrečena oslobađajuća presuda, pretresno vijeće može, na zahtjev tužilaštva i nakon što sasluša strane u postupku, iskoristiti svoje diskreciono pravo i naložiti da optužena osoba ostane u pritvoru do izricanja presude po žalbi.
• Žalbeno vijeće razmatra žalbe osoba koje je pretresno vijeće osudilo ili žalbe tužioca. Obje strane u postupku mogu uložiti žalbu na bilo koji element presude pretresnog vijeća – navodnu grešku u primjeni prava ili navodnu grešku u iznošenju činjeničnog stanja. Strana u postupku može uložiti dodatne dokaze u žalbenom postupku ako Žalbeno vijeće zaključi da ti dokazi nisu bili dostupni za vrijeme suđenja, a relevantni su, pouzdani i mogli su biti od ključnog značaja pri odlučivanju na suđenju.
• Mogućnost da Žalbeno vijeće u žalbenom postupku primi dodatne dokaze naročito je važna zbog činjenice da su mnogi arhivi s relevantnim materijalom u bivšoj Jugoslaviji postali dostupni MKSJ-u tek nakon nekoliko godina vođenja postupaka. Po razmatranju podnesaka strana, Žalbeno vijeće donosi presudu većinom glasova. Žalbeno vijeće može potvrditi, poništiti ili preinačiti odluku pretresnog vijeća. U odgovarajućim okolnostima, Žalbeno vijeće, osim toga, može naložiti održavanje ponovnog suđenja.