Uz svoje osnovne dužnosti u vezi sa suđenjima, sudije MKSJ-a sastavljaju i usvajaju Pravilnik o postupku i dokazima i druge pravne akte. Pravilnikom je regulisano vođenje postupaka pred Međunarodnim sudom i druga pitanja, uključujući prihvatanje dokaza i zaštitu svjedoka.
Sudije se sastaju na plenarnim sjednicama kako bi izmijenile ili dopunile Pravilnik, odlučivale o pitanjima koja se odnose na unutrašnje funkcionisanje vijeća i vršile druge funkcije predviđene Statutom ili Pravilnikom. Osim dvije redovne plenarne sjednice koje se održavaju svake godine, održavaju se i izvanredne sjednice, obično za potrebe usvajanja izmjena pravilnika. Da bi odluke donijete na plenarnoj sjednici Međunarodnog suda imale pravni učinak, svakoj sjednici mora prisustvovati deset stalnih sudija Međunarodnog suda.
Regulatorna tijela MKSJ su: Kolegij, Koordinaciono vijeće i Rukovodni odbor. Kolegij, koji se sastoji od predsjednika, potpredsjednika i predsjedavajućih sudija pretresnih vijeća, savjetuje se o svim bitnim pitanjima koja se tiču funkcionisanja Međunarodnog suda.
Koordinaciono vijeće, koje se sastoji od predsjednika, tužioca i sekretara, zaduženo je za koordinaciju aktivnosti ta tri glavna organa Međunarodnog suda kako bi se omogućilo efikasno i efektivno ostvarivanje misije Međunarodnog suda. Koordinaciono vijeće, kojim predsjedava predsjednik, sastaje se jednom mjesečno.
Rukovodni odbor sastoji se od predsjednika, potpredsjednika, jednog sudije koga sudije biraju na plenarnoj sjednici s mandatom od jedne godine koji se može obnoviti, te sekretara, zamjenika sekretara i šefa administracije. Rukovodni odbor rukovodi aktivnostima u vezi sa administrativnom i pravosudnom podrškom vijećima. On, između ostalog, priprema i realizuje budžet Međunarodnog suda, izuzev budžetskih stavki koje se odnose isključivo na aktivnosti Tužilaštva.