"Ovaj predmet će sigurno staviti na probu proces krivičnog pravosuđa i takođe proveriti sposobnost modernog krivičnog suda da se bavi zločinima koji se prostiru tako daleko u odnosu na vreme i mesto."
Tužilac Carla Del Ponte u uvodnom izlaganju na suđenju Slobodanu Miloševiću
Suđenje bivšem jugoslovenskom predsedniku Slobodanu Miloševiću je bilo bez presedana: on je bio prvi bivši šef države kojem se pred nekim međunarodnim sudom sudilo za ratne zločine. Nikada pre se neki međunarodni sud nije suočio sa izazovima suđenja šefu jedne države za zločine koji su se desili u tri države tokom perioda od gotovo deset godina.
Međunarodni sud je po prvi put ušao u istoriju kada je podigao optužnicu protiv Slobodana Miloševića 24. maja 1999. godine za zločine počinjene na Kosovu kada je postao prvi međunarodni sud koji je podigao optužnicu protiv aktuelnog šefa neke države. Nakon što je 29. juna 2001. godine prebačen pod nadležnost Međunarodnog suda, Sud je potvrdio dve dodatne optužnice protiv njega: 8. oktobra 2001. godine Slobodan Milošević je optužen za zločine u Hrvatskoj, a 22. novembra 2001. godine za zločine u Bosni i Hercegovini.
I pre nego što je počelo, ovo suđenje je Međunarodni sud suočilo sa više ozbiljnih proceduralnih izazova. Prvi je odluka Slobodana Miloševića da zastupa samog sebe – pravo koje je omogućeno po Statutu MKSJ (član 21 (d)) – koju je saopštio Pretresnom veću tokom svog prvog stupanja pred Sud 3. jula 2001. godine. Da bi pomoglo sudu Pretresno veće je 30. avgusta 2001. godine dodelilo zastupnike koji su delovali kao amicus curiae (prijatelji suda). Tokom postupka sledeći zastupnici su delovali kao amicus curiae: Michail Vladimiroff (Holandija), Branislav Tapušković (Srbija), Steven Kay (Ujedinjeno Kraljevstvo) i Timothy McCormack (Australija).
Drugi veliki proceduralni izazov sa kojim se Pretresno veće susrelo je da li da se Slobodanu Miloševiću sudi za zločine počinjene u Hrvatskoj, Bosni i Hercegovini i na Kosovu tokom jednog postupka ili u odvojenim postupcima. Tužilac je obrazložila da postupak treba objediniti jer je cilj i svrha zločina koje su počinili članovi udruženog zločinačkog poduhvata, a za koje se Milošević teretio, u svakoj od optužnica identični. Tužilac je takođe tvrdila da bi održavanje jednog postupka umesto tri bilo delotvornije i ekonomičnije (videti Predlog Tužilaštva za spajanje optužnica). Iako je Pretresno veće donelo odluku da se samo optužnice za Hrvatsku i Bosnu i Hercegovinu spoje u jedan postupak (videti Odluku Pretresnog veća po predlogu za spajanje optužnica), Žalbeno veće je poništilo ovu odluku i naložilo da se po sve tri optužnice sudi u jednom objedinjenom postupku sa izvođenjem dokaza za Kosovo kao prvim (videti Odluku Žalbenog veća po predlogu za spajanje optužnica).
Suđenje Slobodanu Miloševiću je počelo 12. februara 2002. godine kada je Tužilac Carla Del Ponte iznela svoje uvodno izlaganje pred Pretresnim većem u sastavu: sudija Richard May (predsedavajući), sudija Patrick Robinson i sudija O-Gon Kwon.
Izvođenje dokaza tako velikog broja i različitih vrsta zločina, verno predstavljanje mnogih stotina hiljada žrtava uz istovremeno poštovanje prava optuženog na ekspeditivno suđenje i odbranu po svom izboru se pokazalo kao jedan od najvećih izazova sa kojim se susrelo Pretresno veće. Mnogo puta su Tužilaštvo, odbrana i Pretresno veće diskutovali o vremenu – koliko vremena je potrebno Tužilaštvu i odbrani dok je Pretresno veće pedantno vodilo računa o tome koliko su ga strane u postupku dobile. Jedno inventivno rešenje koje je Tužilaštvo usvojilo je da se svedočenja svedoka uvedu u pisanoj formi (videti pravilo 92bis Pravilnika o postupku i dokazima). Umesto da Tužilaštvo traži od svedoka da svedoče na javnoj raspravi, tužioci bi pročitali rezime izjave koju je svedok njima dao, a onda prepustili svedoka odbrani na unakrsno ispitivanje.
Od samog početka suđenja, zdravlje Slobodana Miloševića je bilo jedno od stvari koje je Pretresno veće moralo da uzme u obzir: do septembra 2003. godine više od 50 sudskih dana je otkazano zbog njegovog lošeg zdravlja, a do samog kraja postupka ukupni zbir je bio 76 izgubljenih dana u sudnici. Prihvatajući preporuke izveštaja kardiologa o Miloševićevom zdravlju, Pretresno veće je donelo odluku da se postupak izvodi samo tri dana u sedmici, dajući time Miloševiću četiri dana za odmor. Izgubljeni dani u sudnici zajedno sa trodnevnom sedmicom su znatno produžili tok postupka.
Uprkos ovim merama, zdravstveno stanje Slobodana Miloševića je nastavilo da utiče na tok suđenja. Početak izvođenja dokaza odbrane je nekoliko puta morao biti odgođen da bi na kraju započeo 31. avgusta 2004. godine – šest meseci nakon što je Tužilaštvo završilo glavno izvođenje svojih dokaza. Pozivajući se još jednom na nalaze dva kardiologa, Pretresno veće je odlučilo da Milošević nije zdravstveno sposoban za izvođenje sopstvene odbrane i naložilo Sekretaru suda da imenuje branioca, odluka na koju je Milošević uspešno uložio žalbu. Žalbeno veće je odlučilo da Miloševića može zastupati branilac samo onda kada on iz zdravstvenih razloga nije u stanju da zastupa samog sebe. U praksi je ovo značilo da je branilac kojeg je Sekretar suda imenovao da zastupa Miloševića bio branilac u pripravnosti koji bi preuzeo izvođenje dokaza ukoliko zdravstveni razlozi ne bi dozvoljavali Miloševiću da on to sam nastavi.
Ove mere su bile primenjene tokom celokupnog perioda izvođenja dokaza odbrane a Slobodan Milošević je izveo dokaze gotovo u potpunosti bez dodeljenog branioca u pripravnosti uprkos činjenici da je postupak nekoliko puta prekidan ili odgađan zbog njegovih zdravstvenih problema. Štaviše, tokom jedne od brojnih prilika kada Milošević nije mogao da prisustvuje sednici iz zdravstvenih razloga, svedok predviđen za taj dan, Kosta Bulatović, je odbio da odgovara na pitanja tokom unakrsnog ispitivanja dok se optuženi ne vrati, i time implicitno odbio da prihvati Miloševićevog zastupnika odbrane. Međunarodni sud je kasnije osudio Bulatovića zbog nepoštovanja suda.
Neposredno pre kraja izvođenja dokaza Tužilaštva, predsedavajući sudija Richard May je bio primoran da se povuče iz zdravstvenih razloga. Sudija Patrick Robinson je postao predsedavajući, a 1. juna 2004. godine sudija Iain Bonomy je postao član Pretresnog veća.
Nakon što je Tužilaštvo 25. februara 2004. godine završilo izvođenje svojih dokaza, amici curiae su u ime optuženog podneli Predlog za donošenje oslobađajuće presude tvrdeći da su dokazi koje je izvelo Tužilaštvo nedovoljni da bi se osigurala osuđujuća presuda (videti Pravilo 98bis Pravilnika o postupku i dokazima Međunarodnog suda). Pretresno veće je 16. juna 2004. godine donelo odluku da je Tužilaštvo izvelo dokaze koji bi mogli biti dovoljni za osuđujuću presudu, u nedostatku izvođenja dokaza odbrane, po svakoj od 66 tačaka za koje je terećen. Pretresno veće je napomenulo da odluka ne znači nužno da bi Pretresno veće na kraju suđenja optuženog i osudilo. Međutim, Pretresno veće se nije uverilo da je Tužilštvo izvelo dovoljno dokaza da bi dokazalo van svake razumne sumnje navode o nekim mestima zločina pomenutim u nekoliko tačaka optužnice (videti Odluku po pravilu 98bis). Slobodan Milošević je tako započeo izvođenje dokaza svoje odbrane 31. avgusta 2004. godine.
Svega nekoliko sedmica pre kraja izvođenja dokaza odbrane, 11. marta 2006. godine Milošević je nađen mrtav u svojoj ćeliji u Pritvorskoj jedinici Ujedinjenih nacija. Izveštaj o autopsiji koji je podneo Holandski institut za sudsku medicinu i sopstvena istraga Međunarodnog suda (videti Izveštaj predsedniku Suda, smrt Slobodana Miloševića) koju je vodio potpredsednik Međunarodnog suda, sudija Kevin Parker su doveli do zaključka da je Milošević umro prirodnom smrću.
Sudije su 14. marta 2006. godine formalno proglasile suđenje Slobodanu Miloševiću završenim. Tokom 286 dana u sudnici u trajanju od preko četiri godine Sud je saslušao 347 svedoka i prihvatio oko 1000 dokaznih predmeta od kojih su neki sadržavali i više od 100 dokumenata (ovo sveukupno čini nekoliko desetina hiljada stranica dokaza). Suđenje je omogućilo mnogim svedocima forum u kojem su mogli ispričati svoje bolne priče. Mnogi visoki zvaničnici iz bivše Jugoslavije i predstavnici međunarodne zajednice su po prvi put progovorili o značajnim događajima tokom ratova 1990-tih godina. Konačno, mnogi dokumenti, video snimci i presretnuti telefonski razgovori su po prvi put viđeni u sudnici Međunarodnog suda. Ovi materijali čine deo javne arhive i dostupni su istražiteljima i tužiocima u regionu za buduća suđenja za ratne zločine kao i istoričarima, istraživačima i pobornicima civilnog društva u njihovim naporima da se ustanovi istina o tome šta se dešavalo tokom ratova u bivšoj Jugoslaviji 1990-tih godina.
U saopštenju za štampu nakon smrti Slobodana Miloševića, Tužilac Carla Del Ponte je, izjaviviši žaljenje zbog toga što ovaj predmet neće dočekati presudu, potvrdila da zločini za koje je terećen Slobodan Milošević neće proći nekažnjeno. Drugi visoki zvaničnici, pod nadležnošću Međunarodnog suda ili još uvek u bekstvu, optuženi za iste zločine moraju biti privedeni pravdi.