Početkom 1990-tih godina Socijalistička Federativna Republika Jugoslavija bila je jedna od najvećih, najrazvijenijih i najraznolikijih država na Balkanu. To je bila nesvrstana federacija koja se sastojala od šest republika: Bosne i Hercegovine, Crne Gore, Hrvatske, Makedonije, Slovenije i Srbije. Osim ovih šest republika, dva zasebna područja Kosovo i Vojvodina su imala status autonomnih pokrajina u okviru Republike Srbije. Jugoslavija je bila mešavina etničkih grupa i religija, od kojih su pravoslavlje, katoličanstvo i islam bile najzastupljenije.
Paralelno sa slomom komunizma i ponovnim buđenjem nacionalizma u Istočnoj Evropi krajem 1980-tih i početkom 1990-tih Jugoslavija je prolazila kroz period intenzivne političke i ekonomske krize. Centralna vlast je slabila dok je militantni nacionalizam naglo jačao. Pojavile su brojne političke partije koje su sa jedne strane zagovarale potpunu nezavisnost republika, a sa druge veća ovlašćenja za pojedine republike unutar federacije.
Političke vođe su koristili nacionalističku retoriku da bi podrivali zajednički jugoslovenski identitet i hranili strah i nepoverenje među različitim etničkim grupama. Do 1991. godine raspad države se dao naslutiti. Slovenija i Hrvatska su optuživale Srbiju za neopravdanu dominaciju nad jugoslovenskim vlastima, vojskom i finansijama. Srbija je, sa druge strane, optužila te dve republike za separatizam.
Slovenija - 1991.
Prva od šest republika koja je formalno napustila Jugoslaviju bila je Slovenija, koja je proglasila nezavisnost 25. juna 1991. godine. Ovo je izazvalo intervenciju Jugoslovenske narodne armije (JNA) koja se pretvorila u kratak vojni sukob, koji se obično naziva "Desetodnevni rat". Sukob je završen pobedom slovenačkih snaga i povlačenjem vojnika i opreme JNA.
Hrvatska - 1991-1995.
Hrvatska je proglasila nezavisnost istog dana kad i Slovenija. Međutim, dok je povlačenje Slovenije iz federacije prošlo sa relativno malo prolivene krvi, povlačenje Hrvatske nije tako proteklo. Prilično velika srpska manjina u Hrvatskoj je otvoreno odbacila vlast novoproglašene Hrvatske države pozivajući se na pravo da ostanu u okviru Jugoslavije. Uz pomoć JNA i Srbije, Srbi u Hrvatskoj su organizovali pobunu, proglasivši gotovo trećinu teritorije Hrvatske pod svojom kontrolom nezavisnom srpskom državom. Hrvati i ostali nesrbi su proterani sa te teritorije tokom nasilne kampanje etničkog čišćenja. Teške borbe u drugoj polovini 1991. godine bile su propraćene granatiranjem starog grada Dubrovnika i opsadom i uništenjem Vukovara od strane srpskih snaga.
Uprkos primirju koje su nadgledale Ujedinjene nacije a koje je stupilo na snagu početkom 1992. godine, hrvatske vlasti su bile rešene da ponovo uspostave vlast na svojoj teritoriji i koristile su svoje resurse da bi razvile i opremile svoje oružane snage. U leto 1995. godine Hrvatska vojska izvela je dve velike ofanzive povrativši sve teritorije sem jednog malog dela poznatom pod nazivom Istočna Slavonija. Tokom velikog egzodusa na desetine hiljada Srba bežalo je pred nastupajućim hrvatskim snagama ka delovima Bosne i Hercegovine pod srpskom kontrolom i dalje ka Srbiji. Rat u Hrvatskoj faktički je završen u jesen 1995. godine. Hrvatska je ponovo uspostavla kontrolu nad celom svojom teritorijom 1998. godine kada je Istočna Slavonija vraćena pod hrvatsku nadležnost nakon mirnog prelaznog perioda pod administracijom Ujedinjenih nacija.
Bosna i Hercegovina - 1992-1995
Sukob u Bosni i Hercegovini je bio najkrvaviji od svih koji su se desili tokom raspada Jugoslavije. Ova središnja jugoslovenska republika imala je zajedničku vlast koja je odražavala mešovitu nacionalnu strukturu sa oko 43 procenata bosanskih Muslimana, 33 procenata bosanskih Srba i 17 procenata bosanskih Hrvata i oko 7 procenata drugih nacionalnosti. Strateški položaj ove republike je doveo do toga da su i Srbija i Hrvatska nastojale da velike delove ove teritorije stave pod svoju dominaciju. Štaviše, vođe Srbije i Hrvatske su se tajno sastali već 1991. godine i dogovorili o podeli Bosne i Hercegovine, ostavivši Muslimanima malu enklavu.
U martu 1992. godine na referendumu kojeg su bosanski Srbi bojkotovali, više od 60 procenata stanovnika Bosne je glasalo za nezavisnost. Gotovo odmah nakon toga, u aprilu 1992. bosanski Srbi su organizovali pobunu uz pomoć Jugoslovenske narodne armije i Srbije, proglasivši teritorije pod svojom kontrolom Srpskom Republikom Bosnom i Hercegovinom. Uz pomoć ogromne vojne nadmoći i sistematske kampanje progona nesrba, ubrzo su uspostavili kontrolu nad više od 60% države. Bosanski Hrvati su nedugo zatim sledili njihov primer, odbacivši nadležnost bosanske vlade i proglasivši svoju sopstvenu republiku uz pomoć Hrvatske. Sukob se pretvorio u krvavu trostranu borbu za teritorije, a civili sve tri nacionalnosti su postali žrtve užasnih zločina.
Procenjuje se da je kao posledica rata koji je besneo od aprila 1992. do novembra 1995. godine kada je u Daytonu postignut mirovni sporazum, ubijeno više od 100.000 ljudi a da je preko dva miliona, više od polovine stanovništva, bilo primorano da napusti svoje domove. Na hiljade bosanskih žena su sistematski silovane. Sve strane u sukobu su formirale zloglasne zatočeničke logore: u Prijedoru, Omarskoj, Konjicu, Dretelju i na drugim mestima. Najgore zverstvo počinjeno tokom celog rata desilo se u leto 1995. godine kada su bosanski gradić Srebrenica, koji su Ujedinjene nacije proglasile zaštićenom zonom, napale snage bosanskih Srba pod komandom Ratka Mladića. Tokom nekoliko dana početkom jula, skoro 8000 muškaraca i dečaka bosanskih Muslimana pogubljeno je genocidnim aktom srpskih snaga. Ostatak žena i dece iz ovog grada je proteran.
Kosovo - 1998-1999.
Naredna oblast u kojoj je došlo do sukoba je srpska pokrajina Kosovo, gde je albanska zajednica zahtevala nezavisnost od Srbije. Nasilje je buknulo 1998. godine nakon što je Oslobodilačka vojska Kosova (OVK), došla u otvoren sukob sa srpskim vlastima, a policijska i vojna pojačanja poslata da uguše pobunu.
U svojoj kampanji, srpske snage su masovno uzimale civile za metu, granatirajući sela i primoravajući kosovske Albance na bekstvo. Nakon što je tokom mirovnih pregovora u Rambujeu početkom 1999. godine pokušaj postizanja sporazuma o rešavanju krize uz međunarodno posredovanje propao, NATO je započeo 78-dnevnu kampanju vazdušnih napada na ciljeve na Kosovu i u Srbiji. Srpske snage su, zauzvrat, još više intenzivirale progon civila kosovskih Albanaca. Na kraju, predsednik Srbije Slobodan Milošević je pristao na povlačenje svojih vojnih i policijskih snaga iz ove pokrajine. Oko 750.000 albanskih izbeglica se vratilo svojim domovima a oko 100.000 Srba – oko polovine ukupnog srpskog stanovništva pokrajine – pobeglo je u strahu od odmazde. U junu 1999. godine Srbija je prihvatila međunarodnu upravu nad pokrajinom čiji konačan status još uvek nije rešen.
Bivša Jugoslovenska Republika Makedonija - 2001.
Najjužnija republika jugoslovenske federacije, Makedonija, proglasila je nezavisnost u jesen 1991. godine i otcepila se na miran način. Kasnije je primljena u Ujedinjene nacije pod privremenim imenom Bivša Jugoslovenska Republika Makedonija (BJRM).
Bivša Jugoslovenska Republika Makedonija, koji većinski nastanjuju Makedonci i velika albanska manjina, uživala je mir tokom jugoslovenskih ratova početkom 1990-tih godina. Međutim, početkom januara 2001. godine militantna grupa albanske Oslobodilačke Narodne Armije (ONA) se sukobila sa bezbednosnim snagama republike sa ciljem da ostvari autonomiju ili nezavisnost za delove zemlje nastanjene Albancima. Sporadičan oružani sukob je trajao tokom nekoliko meseci 2001. godine, a okončan je mirovnim sporazumom koji je obuhvatao politički sporazum o podeli vlasti, razoružanju albanskih paravojnih formacija i razmeštanju snaga NATO za nadgledanje njegovog sprovođenja.