Međunarodni krivični sud za bivšu Jugoslaviju (MKSJ) potvrđuje da je 1. jula 2003. Veselin Šljivančanin prebačen u pritvorsku jedinicu MKSJ-a.

Šljivančanin se zajedno sa Miletom Mrkšićem i Miroslavom Radićem tereti u Optužnici koja je potvrđena 7. novembra 1995. Izmenjenoj Optužnici, koje je potvrđena 3. aprila 1996., dodat je Slavko Dokmanović. Izmenjena optužnica je ostala pod pečatom do Dokmanovićevog hapšenja od strane Prelazne uprave Ujedinjenih naroda za istočnu Slavoniju (UNTAES-a) 27. juna 1997.

U drugoj izmenjenoj optužnici, od 2. decembra 1997., navodi se da je do avgusta 1991., Jugoslovenska narodna armija (JNA) opkolila grad Vukovar i otpočela stalni artiljerijski napad na grad, koji je na kraju doveo do njegovog pada 18. novembra 1991. Poslednjih dana opsade, nekoliko stotina ljudi je potražilo sklonište u vukovarskoj bolnici.

Prema navodima optužnice, oko 20. novembra 1991., JNA i pripadnici srpskih paravojnih snaga, uz pomoć i podršku Dokmanovića, a pod zapovedništvom i nadzorom Mrkšića, Radića i Šljivančanina, odveli su oko 400 pojedinaca ne-Srba iz vukovarske bolnice, a zatim oko 300 njih prevezli u jednu zgradu na poljoprivrednom imanju Ovčara, gde su ih tukli nekoliko sati. Posle toga, vojnici su zarobljene ne-Srbe, u grupama od deset do dvadeset, prevezli na mesto između imanja Ovčara i Grabova, gdje su pucajući iz vatrenog oružja i na druge načine ubili najmanje 198 muškaraca i dve žene. Nakon ubistava, tela žrtava su buldožerom zakopana u masovnu grobnicu na istoj lokaciji.

Prema navodima optužnice, Veselin Šljivančanin je bio major JNA, komandant bataljona vojne policije i oficir zadužen za sigurnost u Gardijskoj brigadi. Bio je operativni komandant snaga JNA u poslednjoj fazi opsade Vukovara. Nakon toga Šljivančanin je unapređen u čin pukovnika i postavljen da komanduje jednom brigadom JA u Podgorici, Crna Gora.

Optužbe:

Veselin Šljivančanin se zajedno sa Miletom Mrkšićem, Miroslavom Radićem i Slavkom Dokmanovićem tereti na osnovu individualne krivične odgovornosti (član 7(1) Statuta Međunarodnog suda), ili, alternativno, na osnovu krivične odgovornosti nadređenog (član 7(3)):

po dve tačke za teške povrede Ženevskih konvencija iz 1949. (član 2 – namerno nanošenje teške patnje; namerno ubistvo),

po dve tačke za kršenja zakona i običaja ratovanja (član 3 – okrutno postupanje; ubistvo) i

po dve tačke za zločine protiv čovečnosti (član 5 – nečovečne radnje; ubistvo).

Dokmanović je umro u pritvorskoj jedinici MKSJ-a 15. maja 2002. Postupak protiv njega okončan je 15. jula 1998.

Mrkšić je 15. maja 2002. prebačen u pritvorsku jedinicu MKSJ-a. Dana 28. avgusta 2002., protiv njega je podnesena Druga izmenjena optužnica.

Postupak prema pravilu 61:

U nekim slučajevima kada Međunarodni sud nije u mogućnosti da pritvori optuženog, postupa se u skladu s pravilom 61 Pravilnika o postupku i dokazima. U postupku prema pravilu 61, pretresno veće u punom sastavu na javnom pretresu pregledava optužnicu i propratni dokazni materijal i, ako zaključi da postoje razumne osnove za sumnju da je optuženi počinio sva ili neka od krivičnih dela za koja se tereti u optužnici, ono će potvrditi optužnicu i izdati međunarodni nalog za hapšenje kako bi se osiguralo da optuženi bude uhapšen ako pokuša preći međunarodnu granicu. Osim toga, veće može potvrditi, nakon što tužilac to dokaže, da je propust da se nalog za hapšenje uruči optuženom posledica toga što neka država nije ispunila obavezu saradnje, ili je odbila da to učini. Predsednik Međunarodnog suda, nakon savetovanja s predsedavajućim sudijama raspravnih veća, može o tome izvestiti Veće sigurnosti.

Rasprava prema pravilu 61 u predmetu Vukovar održana je 20., i od 26. do 28. marta 1996. godine. Tužilac je Pretresnom veću predao pismeni dokazni materijal i prezentirao svedočenja nekoliko svedoka. Među tim svedocima bile su i osobe koje su bile prisutne u bolnici u vreme kad je zauzeta, jedna osoba koja je izbegla, kako se navodi, masovno ubistvo i jedan vojnik Jugoslovenske narodne armije (JNA) koji je učestvovao u događajima na tom području.

Dana 3.aprila 1996., Pretresno veće donelo je odluku kojom je potvrdilo postojanje osnovane sumnje da su optuženi izvršili zločine za koje se terete. Veće je takođe izdalo međunarodne naloge za hapšenje optuženih. Konačno, Veće je smatralo da se neizvršenje naloga za hapšenje može pripisati odbijanju SRJ da sarađuje sa Međunarodnim sudom, što je potvrdilo u svrhu izveštavanja Veća sigurnosti.

Dana 24. aprila 1996., predsednik Međunarodnog suda je prvi put izvestio Veće sigurnosti o odbijanju SRJ da sarađuje sa Međunarodnim sudom.

Prvo stupanje optuženog pred Sud biće zakazano kako bi se optuženi mogao izjasniti o krivici po tačkama optužnice. Datum prvog stupanja pred sud će biti naknadno objavljen.