Le 27 mai 1999, le Procureur Louise Arbour annonça que des mandats d’arrêt avaient été émis contre Slobodan Milošević et ses quatre coaccusés- le Président de Serbie Milan Milutinović, Le Chef d’état-major de l’Armée yougoslave Dragoljub Ojdanić, le ministre de l’Intérieur serbe Vlajko Stojiljković et le Vice-Premier Ministre de la République fédérale de Yougoslavie, Nikola Šainović—pour les crimes qui leur étaient reprochés au Kosovo.
Le TPIY ne dispose pas d’une force armée habilitée à pénétrer dans un état souverain et y exécuter un mandat d’arrêt. À cette époque, la Yougoslavie était en guerre, et l’Accusation soutenait que Slobodan Milošević, alors Président, commandait l’armée et les forces de police. Avec Milošević aux commandes, qui serait en mesure d’exécuter le mandat d’arrêt et de transférer l’accusé à La Haye ?
Lorsqu’elle annonça leurs actes d’accusations, le procureur Arbour mit tous les accusés en demeure de faire acte de reddition volontaire, enjoignant le ministère de la Justice de procéder à leur arrestation et à leur transfèrement en cas de refus de leur part.
Garantie minimum, les mandats d’arrêts lancés contre lui ne permettait pas à Slobodan Milošević de quitter la Yougoslavie. Les mandats d’arrêt furent lancés contre lui et à l’encontre de ses quatre coaccusés dans tous les états membres de l’ONU accompagnés d’ordonnances aux fins d’identifier et geler leurs ressources financières pour qu’ils ne puissent les utiliser pour échapper à la justice.
Aucun des accusés ne se rendit, ni ne fut arrêté. Mais un changement sur la scène politique survint après les élections présidentielles de septembre 2000 et de grandes manifestations le mois suivant conduisirent à évincer Milošević du pouvoir. Peu après, en décembre 2000, l’alliance réformiste serbe remporta une victoire écrasante aux élections parlementaires, et le chef de l’opposition Zoran Djindjić devint Premier ministre de Serbie. En janvier 2001, les nouvelles autorités serbes au pouvoir placèrent Milošević sous surveillance policière permanente à Belgrade, et commencèrent à enquêter sur des allégations selon lesquelles il aurait détourné de l’argent public et se serait rendu coupable d’abus de pouvoir.
Durant toute cette période, le Tribunal enjoignit les nouvelles autorités de Belgrade de déferrer Milošević à La Haye pour qu’il y soit jugé. Le Président et Procureur du TPIY insistaient sur le fait que la République fédérale de Yougoslavie avait, vis-à-vis de la communauté internationale, l’obligation de transférer Milošević à La Haye. Pour les Etats-Unis, qui soutenaient le Tribunal et l’Etat de droit, l’aide du gouvernement américain ne serait apportée à la Yougoslavie qu’à condition que Milošević soit déferré devant le TPIY.
En juin 2001, avant la conférence internationale des donateurs dont le but était de recueillir des promesses d’aides financières pour la Yougoslavie, les ministres réformistes du gouvernement yougoslave firent voter un décret qui ouvrait la voie au transfert des suspects de crimes de guerre devant le Tribunal. Le 28 juin 2001, Zoran Djindjić, le Premier ministre serbe, autorisa le transfert de Milošević à La Haye.
Le 29 juin 2001, au petit matin, Slobodan Milošević fut transféré au quartier pénitentiaire des Nations Unies de La Haye.