Krivični postupak na MKSJ, uređen Pravilnikom o postupku i dokazima, jedinstvena je kombinacija akuzatornog i inkvizitornog modela.
Kao standard dokazivanja primjenjuje se standard dokazivanja van razumne sumnje. Teret dokazivanja je na tužilaštvu. Tokom cijelog postupka optuženi ima pravo na prisutnost i usluge branioca. Ako optuženi nema sredstava da plati branioca, platit će ga Međunarodni sud. Optuženi takođe ima pravo da se služi vlastitim jezikom tokom cijelog postupka (pravilo 3).
Postupak pred MKSJ može se sažeto prikazati na sljedeći način:
Tužilac se mora uvjeri[ti] da postoji dovoljno dokaza za osnovanu sumnju da je osumnjičeni počinio krivično djelo koje je u nadležnosti Suda.
- Tužilac pokreće istragu na osnovu informacija iz raznih izvora. Tužilac potpuno slobodno i nezavisno odlučuje o sprovođenju istrage.
Tužilac se mora "uvjeri[ti] da postoji dovoljno dokaza za osnovanu sumnju da je osumnjičeni počinio krivično djelo koje je u nadležnosti Suda". To se zove prima facie osnov za pokretanje postupka. Kada se to utvrdi, tužilac izdaje optužnicu i upućuje je sudiji radi potvrde. Sudija koji potvrđuje optužnicu potom proučava optužnicu i, ako se uvjeri da postoje dovoljne osnove za pokretanje postupka, potvrđuje optužnicu. U protivnom, optužnica se vraća tužilaštvu. Sudija u ovoj fazi može izdati i nalog za hapšenje.
U izuzetnim okolnostima, sudija ili pretresno vijeće mogu naložiti da optužnica ostane zapečaćena dok se ne uruči optuženom. U skladu sa strategijom okončanja rada Suda, Tužilaštvo je posljednje optužnice podiglo prije 31. decembra 2004.
- Nakon što je optuženi pritvoren ili se dobrovoljno predao, smjesta se prebacuje u Pritvorsku jedinicu UN-a u Haagu. Što je prije moguće nakon toga, pritvorena osoba prvi put stupa pred Sud. Tom prilikom (ili u narednih 30 dana) optuženi se može potvrdno ili negativno izjasniti o krivici po svakoj tački optužnice.
- Ako se optuženi potvrdno izjasni o krivici i Pretresno vijeće se uvjeri da su ispunjeni uslovi, može optuženog proglasiti krivim ili uputiti sekretara Suda da odredi datum rasprave o odmjeravanju kazne.
Pravilnik predviđa i postupak za sporazum o izjašnjavanju o krivici (pravilo 62ter). Tužilac i odbrana mogu se sporazumjeti da će, nakon što se optuženi potvrdno izjasni o krivici po optužnici ili po jednoj ili više tačaka optužnice, tužilac od pretresnog vijeća zatražiti da se optužnica shodno tome izmijeni i zatražiti da se izrekne kazna u određenom rasponu ili se složiti sa kaznom u rasponu koji predloži odbrana. Pretresno vijeće ne obavezuje nijedan od takvih sporazuma.
- Ako se optuženi negativno izjasni o krivici, održava se rasprava. Ako se optuženi odbije izjasniti o krivici, sudije u njegovo ime navode da se izjašnjava da nije kriv.
- Nakon prvog stupanja na Sud i prije početka suđenja (pretpretresna faza), optuženi može od pretresnog vijeća zatražiti privremeno puštanje na slobodu. Ako sudije tako nalože, optuženi može biti pušten na slobodu do početka suđenja, pod uslovom da poštuje uslove puštanja na slobodu koje je pretresno vijeće odredilo, uključujući uslove potrebne da bi se osiguralo prisustvo optuženog na suđenju i zaštita svjedoka.
- Predsjedavajući sudija pretresnog vijeća imenuje pretpretresnog sudiju da koordinira komunikaciju između strana tokom pretpretresne faze i da se stara da se postupak ne odugovlači nepotrebno.
- Dokazi se na suđenju izvode sljedećim redom: dokazi tužilaštva, dokazi odbrane, dokazi tužilaštva kojima se pobijaju navodi odbrane (replika); dokazi odbrane kao odgovor na pobijanje (duplika); dokazi čije je izvođenje naložilo pretresno vijeće; i sve relevantne informacije koje mogu pomoći pretresnom vijeću pri odmjeravanju odgovarajuće kazne ako optuženi bude proglašen krivim. Kad god se izvode dokazi, objema stranama u postupku dozvoljeno je glavno ispitivanje, unakrsno ispitivanje i dodatno ispitivanje.
Na kraju suđenja, tužilaštvo može iznijeti svoju završnu riječ, nakon čega završnu riječ iznosi odbrana. Tužilaštvo može zatim iznijeti argumente u replici na koju odbrana može iznijeti dupliku.
Pretresno vijeće zasjeda iza zatvorenih vrata. Presuda se donosi većinom glasova sudija. Uz presudu se prilaže pismeno obrazloženje.
- Nakon što predsjedavajući sudija proglasi pretres zatvorenim, pretresno vijeće zasjeda iza zatvorenih vrata. Presuda se donosi većinom glasova sudija. Uz presudu se prilaže pismeno obrazloženje. Presudi mogu biti priložena i izdvojena ili suprotna mišljenja.
- Osoba koja je proglašena krivom može biti osuđena na kaznu zatvora, uključujući i doživotnu kaznu zatvora. Na MKSJ-u nema smrtne kazne. Osuđeni će kaznu izdržavati u državama koje su izrazile spremnost da prihvate osuđene osobe i o tome potpisale sporazum s MKSJ-om.
- U slučaju oslobađajuće presude, optuženi se smjesta pušta na slobodu. Ako tužilac obavijesti pretresno vijeće da namjerava podnijeti žalbu, pretresno vijeće može (na zahtjev tužioca) izdati nalog za nastavljanje pritvora optuženog dok se ne presudi o žalbi.
- Na MKSJ se vode opsežni žalbeni postupci koje mogu pokrenuti kako optuženi tako i tužilac. Moguće je izvođenje dodatnih dokaza ako Žalbeno vijeće zaključi da to nalažu interesi pravde. Žalbu rješava pet sudija. Presuda po žalbi se takođe donosi većinom glasova sudija i uz nju se takođe prilaže pismeno obrazloženje. Presudi mogu biti priložena i izdvojena ili suprotna mišljenja.
- U slučaju da se otkrije neka nova činjenica koja nije bila poznata u vrijeme pretresnog ili žalbenog postupka i koja ni uz dužnu revnost nije mogla biti otkrivena, bilo koja strana u postupku može zatražiti preispitivanje presude. Obje strane mogu uložiti žalbe na presudu po tom postupku.