Od 2002. do 2004. godine, Savjet bezbjednosti UN-a je u više navrata pozvao međunarodnu zajednicu i darodavce da pomognu nacionalnim pravosuđima kako bi se osigurao uspjeh suđenja za ratne zločine na području bivše Jugoslavije i tražio od Međunarodnog suda da putem svog programa Outreach doprinese takvim mjerama izgradnje kapaciteta.
U okviru te akcije, Međunarodni sud i međunarodna zajednica doprinijeli su uspostavi specijalizovanih organa za istrage i postupke u vezi s ratnim zločinima u Bosni i Hercegovini, Srbiji i Hrvatskoj.
Najvažniji od tih događaja je formiranje odjela za ratne zločine pri Državnom sudu i Državnom tužilaštvu Bosne i Hercegovine. Ti odjeli već postupaju u značajnim predmetima u kakvima se nikad ranije nije sudilo na lokalnim sudovima. Međunarodni sud je odigrao značajnu ulogu u formiranju tih tijela.
U Srbiji su 2003. godine osnovani specijalizovano Vijeće za ratne zločine pri Okružnom sudu u Beogradu i Tužilaštvo za ratne zločine uz pomoć i potporu međunarodne zajednice. Iste te godine, u Hrvatskoj su na županijskim sudovima u Zagrebu, Osijeku, Rijeci i Splitu osnovana nova vijeća, izričito zamišljena kao vijeća za postupanje u predmetima u vezi s ratnim zločinima.
Na Kosovu, predmete u vezi s ratnim zločinima vode međunarodni tužioci, a sude međunarodna ili mješovita sudska vijeća formirana pod rukovodstvom Misije UN-a na Kosovu (UNMIK).
Te aktivnosti Međunarodnog suda značajno su doprinijele osposobljavanju nacionalnih pravosudnih sistema za borbu protiv nekažnjivosti za ratne zločine.
Razvoj događaja u Bosni i Hercegovini
Inicijativa za uspostavljanje Odjela za ratne zločine, koji je osnovan 9. marta 2005. godine, sadržana je u zajedničkim zaključcima Kancelarije visokog predstavnika za Bosnu i Hercegovinu i MKSJ-a, usvojenima u februaru 2003., u kojima se kaže da bi specijalizovano vijeće pri Sudu Bosne i Hercegovine bilo najprikladnije tijelo za suđenje u najosetljivijim predmetima u vezi s ratnim zločinima u toj državi, uključujući prosljeđene predmete MKSJ. Ta preporuka je podržana nizom zakona koje je Skupština Bosne i Hercegovine usvojila tokom 2004. godine. MKSJ je aktivno učestvovao u sastavljanju tih zakona, koji su doveli do stvaranja Odjela za ratne zločine pri Sudu BiH, Odjela za ratne zločine pri Tužilaštvu BiH, te Ureda registrara, u kojem radi i međunarodno osoblje, za podršku njihovom radu.
U sklopu Državne agencije za istrage i zaštitu BiH osnovana je Jedinica za zaštitu svjedoka, a Zakon o zaštiti svjedoka usvojen je 2004. godine.
Na kantonalnim i okružnim sudovima širom Bosne i Hercegovine takođe se vode suđenja za ratne zločine. Riječ je o suđenjima koja su započeta prije osnivanja Suda BiH.
Sud Bosne i Hercegovine
Visoki predstavnik je osnovao Sud BiH kako bi se vladavina prava učvrstila širom države, koja se trenutno sastoji od dva entiteta – Federacije Bosne i Hercegovine i Republike Srpske – i Distrikta Brčko.
Sud je započeo s radom u januaru 2003. i otada ima vodeću ulogu u borbi protiv organizovanog kriminala, korupcije i finansijskog kriminala u Bosni i Hercegovini. Taj ključni aspekt rada suda od početka je dodatno pojačan učešćem međunarodnih sudija i tužilaca. Osim toga, Sud BiH pruža pravnu zaštitu u pitanjima na državnom nivou, poput međuentitetskog kriminala ili vanjske trgovine.
Taj Sud se sastoji od Krivičnog, Upravnog i Apelacionog odjeljenja. U sastavu Krivičnog i Apelacionog odjeljenja su:
Odjel I: Ratni zločini
Odjel II: Organizirani kriminal, privredni kriminal i korupcija
Odjel III: Sva ostala krivična djela iz nadležnosti Suda
U početku su se vijeća za ratne zločine sastojala od dvojice međunarodnih sudija i jednog domaćeg sudije. U petogodišnjem prijelaznom periodu sastav vijeća će se promijeniti i u sastavu vijeća će prvo biti dvojica domaćih sudija i jedan međunarodni sudija, da bi konačno ostale samo domaće sudije. Isto tako, međunarodni element će se postepeno povući i iz Odjela za ratne zločine Tužilaštva BiH i iz Ureda registrara.
Sud Bosne i Hercegovine
Tužilaštvo Bosne i Hercegovine
Ured registrara Suda Bosne i Hercegovine
Razvoj događaja u Hrvatskoj
Hrvatska je u listopadu 2003. usvojila i Zakon o zaštiti svjedoka, a u sklopu Ministarstva pravosuđa 2005. godine osnovan je Odjel za podršku svjedocima i sudionicima u postupcima za kaznena djela ratnih zločina. Godine 2004., usvojene su izmjene i dopune Kaznenog zakona.
U finansiranju reforme pravosuđa koja je u toku učestvuje program CARDS Europske unije i fondovi Svjetske banke.
Županijski sud u Zagrebu
Županijski sud u Osijeku
Županijski sud u Rijeci
Županijski sud u Splitu
Razvoj događaja u Srbiji
Od tada je Tužilaštvo za ratne zločine Srbije podiglo niz optužnica. Među tim optužnicama su i one koje se tiču zločina počinjenih u Zvorniku, u Bosni i Hercegovini, 1992. godine, koje je Tužilaštvo MKSJ prosledilo Tužilaštvu za ratne zločine Srbije.
Saradnja između ove dve kancelarije postoji u drugim predmetima kojima se bavi Tužilac za ratne zločine Srbije, uključujući i predmet koji se tiče zločina počinjenih na Ovčari, pored Vukovara, u Hrvatskoj, 1991. godine, koji je za rezultat imao nekoliko osuđujućih presuda u prvom suđenju pred Većem za ratne zločine.
Osim uspostavljanja aktivne saradnje između Međunarodnog suda i pravosudnih institucija u Srbiji koje sude u predmetima vezanim za ratne zločine, u Srbiji je došlo do razvoja nekoliko zakonodavnih i pravosudnih događaja na ovom polju. Skupština Srbije je usvojila zakon o zaštitnim merama za svedoke, a u Ministarstvu unutrašnjih poslova Srbije osnovana je jedinica za zaštitu svedoka.