Le Règlement du Tribunal permet à un accusé de conclure un accord sur le plaidoyer, par lequel il reconnaît sa culpabilité pour l’ensemble des chefs d’accusation retenus contre lui, ou certains d’entre eux. Cet accord est négocié entre le Procureur et l’accusé. La Chambre de première instance ne participe pas à la négociation de l’accord sur le plaidoyer, mais doit entériner celui-ci pour qu’il prenne effet.
Pour qu’un plaidoyer de culpabilité soit accepté, la Chambre de première instance doit être convaincue qu’il a été fait délibérément et en connaissance de cause, qu’il n’est pas équivoque et qu’il existe des faits suffisants établissant la responsabilité de l’accusé pour le crime reproché. Lorsque l’accusé ne plaide coupable que de certains chefs d’accusation, le Procureur peut retirer les autres chefs et demander à la Chambre de première instance l’autorisation de modifier l’acte d’accusation en conséquence. Un plaidoyer de culpabilité permet de faire l’économie d’un procès et donne directement lieu à une audience consacrée à la peine, et à un jugement portant condamnation.
Dans le cadre de l’accord sur le plaidoyer, les deux parties peuvent proposer une peine déterminée. Toutefois, la Chambre de première instance n’est pas tenue par l’accord sur le plaidoyer et décide seule de la peine en usant de son pouvoir discrétionnaire.
À ce jour, vingt accords sur le plaidoyer ont été conclus: Milan Babić, Predrag Banović, Miroslav Bralo, Ranko Češić, Miroslav Deronjić, Damir Došen, Dražen Erdemovič, Miodrag Jokić, Goran Jelisić, Dragan Kolundžija, Darko Mrđa, Dragan Nikolić, Momir Nikolić, Dragan Obrenović, Biljana Plavšić, Ivica Rajić, Duško Sikirica, Milan Simić, Stevan Todorović, Dragan Zelenović.