Osim rukovođenja radom sudnica, Sekretarijat vrši dužnost koju u nacionalnim sistemima često imaju ministarstva.
Zahvaljujući jedinstvenom karakteru jednog međunarodnog krivičnog suda, Sekretarijat ima središnju ulogu u obavljanju složenog niza dužnosti vezanih za upravljanje Međunarodnim sudom. Osim rukovođenja radom sudnica, Sekretarijat vrši dužnost koju u nacionalnim sistemima često imaju ministarstva. Naposljetku, Sekretarijat vrši dužnosti administrativnog tijela organa UN-a.
Aktivnosti rukovođenjaradom sudnice uključuju podršku radu Sudskih vijeća, Tužilaštvai odbrane za potrebe vođenja suđenja. Pretresi se održavaju u tri sudnice Međunarodnog suda, koje su sve opremljene najmodernijom tehnologijom i otvorene za javnost. U sudnici, Sekretarijat predstavljaju sudski poslužitelji i predstavnik Sekretarijata u sudnici. Oni vode službenu evidenciju o svim pretresima i vode brigu o dokaznim predmetima i svim podnescima strana u datom postupku.
Službe Sekretarijata zadužene su da svjedokedovedu na sud, da ih, po potrebi, štite, te da im pruže stručnu psihološku pomoć.
Služba za pravnu pomoć i odbranustara se da se svi optuženi propisno zastupaju. Jedan od zadataka te Službe je i dodjela branilaca optuženima slabog imovinskog stanja.
Za nesmetano vođenje suđenja potreban je i znatan rad na usmenom i pismenom prevođenju. Svi sudski postupci se usmeno prevode a svi dokumenti kojima se služe strane u postupcima prevode se na engleski, francuski, bosanski/hrvatski/srpski i/ili albanski i makedonski, ili s tih jezika.
Za razliku od nacionalnih sistema, u kojima kontrolu nad pitanjima pritvora imaju ministarstva pravosuđa, Pritvorsku jedinicu UN-a u Haagu vodi Sekretarijat. Tokom pretresa svi optuženi su smješteni u Pritvorskoj jedinici. Mnogi od njih u Pritvorskoj jedinici provode i pretpretresnu fazu suđenja. Zbog pretpostavke da su svi nevini dok im se ne dokaže krivica, režim života u Pritvorskoj jedinici se uvelike razlikuje od onog u zatvorima u kojima borave isključivo osuđeni kriminalci. Sekretarijat se stara da Pritvorska jedinica zadovolji najviše međunarodne norme u vezi sa pritvorom.
U svom radu, Sekretarijat ima i diplomatsku funkciju. Sekretarijat je zadužen za kontakte Međunarodnog suda i međunarodne zajednice u vezi sa nizom pitanja, uključujući saradnju sa državama članicama, izvršenje presuda i odnos sa vlastima Nizozemske, zemlje domaćina Međunarodnog suda i Pritvorske jedinice.
Naposljetku, Sekretarijat djeluje kao upravno tijelo organa UN-a. Tu dužnost uključuje niz djelatnosti, kao što su, između ostalog, informisanje javnosti, obezbjeđenje, organizacija putovanja, kadrovski poslovi, finansijski poslovi, arhiviranje i organizacija posjeta.
Sekretarijat je zapravo najraznovrsniji od tri organa Međunarodnog suda. Za razliku od većine organa UN-a, Sekretarijat vrši nadzor nad mnoštvom funkcija.
Sekretarijat vodi sekretar Međunarodnog suda, kojeg imenuje Generalni sekretar Ujedinjenih nacija. Od 1. januara 2009. godine vršilac dužnosti sekretara Suda je g. John Hocking. Njegovo imenovanje stupa na snagu 15. maja 2009. godine. Prethodni sekretari su bili g. Hans Holthuis (2001-2008.), gđa. Dorothee de Sampayo Garrido-Nijgh (1995-2000.) i g. Theo van Boven (1994.), svi holandski državljani.