Chargé de l’administration des salles d’audiences, le Greffe exerce également des fonctions qui relèvent le plus souvent des ministères dans les systèmes nationaux.
Le caractère unique d’une juridiction pénale internationale telle que le Tribunal place le Greffe face à un grand nombre de responsabilités liées au fonctionnement de l’institution. Chargé de l’administration des salles d’audiences, le Greffe exerce également des fonctions qui relèvent le plus souvent des ministères dans les systèmes nationaux. Il doit enfin accomplir les mêmes tâches que les organes administratifs des institutions des Nations Unies.
Dans le cadre de sa mission d’administration du Tribunal, le Greffe fournit aux Chambres, au Bureau du Procureur et à la défense l’appui nécessaire pour mener à bien les procès. Ceux-ci se tiennent dans les prétoires du Tribunal, tous trois dotés d’un équipement très perfectionné, et accessibles au public. Pendant les audiences, le Greffe est représenté par l’huissier et le greffier d’audience, qui tiennent le compte-rendu officiel des débats et administrent les éléments de preuve, ainsi que toutes les pièces déposées par les parties dans le cadre des affaires.
Les services du Greffe sont chargés d’organiser les déplacements des témoins appelés à comparaître devant le Tribunal, d’assurer, au besoin, leur protection, et de leur fournir un soutien psychologique avec l’aide de professionnels.
Le Bureau de l'aide juridictionnelle et de la défense s’assure que chaque accusé est correctement représenté. Il est également chargé, entre autres, de commettre d’office un conseil aux accusés indigents.
Les efforts considérables déployés par les services d’interprétation et de traduction contribuent également au bon déroulement des procès. L’interprétation est assurée à toutes les audiences, et toutes les pièces utilisées par les parties sont traduites vers les langues suivantes ou à partir de celles-ci : anglais, français, bosniaque/croate/serbe et/ou albanais et macédonien.
Contrairement à la pratique dans les systèmes nationaux, où les questions de détention sont généralement du ressort du Ministère de la justice, l’administration du quartier pénitentiaire des Nations Unies, à La Haye, est confiée au Greffe. Tous les accusés sont en détention au quartier pénitentiaire pendant toute la durée de leur procès. La plupart d’entre eux y sont également incarcérés au cours de la phase préalable à celui-ci. Les accusés étant présumés innocents tant que leur culpabilité n’a pas été établie, le régime de détention au quartier pénitentiaire diffère sensiblement de celui des maisons centrales où sont incarcérés les condamnés. Le Greffe veille à ce que les règles de détention au quartier pénitentiaire soient conformes aux normes internationales les plus strictes.
Les activités du Greffe comportent également un volet diplomatique. Voie de communication entre le Tribunal et la communauté internationale, il intervient dans de nombreux domaines tels que la coopération des États Membres, l’exécution des peines et les rapports avec les autorités des Pays-Bas, pays hôte à la fois du Tribunal et du quartier pénitentiaire.
Enfin, le Greffe remplit les mêmes fonctions que les organes administratifs des institutions des Nations Unies. À ce titre, il est chargé d’assurer un grand nombre de services dont l’information du public, la sécurité, l’organisation des déplacements, la gestion des ressources humaines, les finances, l’archivage, les visites, etc.
Des trois organes du Tribunal, le Greffe est celui qui exerce les fonctions les plus variées. Il supervise en effet une multitude d’activités, contrairement à la plupart des autres organes des institutions onusiennes.
Le Greffe est placé sous l’autorité d’un Greffier, nommé par le Secrétaire général de l'ONU. M. John Hocking (Australie) occupe la fonction de Greffier depuis le 15 mai 2009. Il était auparavant Greffier par intérim depuis le 1er janvier 2009. Les précédents greffiers étaient M. Hans Holthuis (2001-2008), Mme Dorothee de Sampayo Garrido-Nijgh (1995-2000) et M. Theo van Boven (1994), tous les trois de nationalité néerlandaise.